Nach der Bundestagswahl 1998 wollte die damalige neue Bundesregierung („Rot-Grün“, zusammengesetzt aus den Parteien SPD und Bündnis 90/ Die Grünen) mit einem neuen Namen für das Ministerium für Bildung und Forschung ihre Schwerpunktsetzung auf dem Gebiet der Bildung und Forschung verdeutlichen.

Im Bundesministerium gibt es sechs Abteilungen, die sich den verschiedenen Bereichen im Ministerium widmen:
- Europäische und internationale Zusammenarbeit
- Ausbildung und Bildungsreform
- Hochschule; Weiterbildung
- Forschung, Verkehr und Raumfahrt
- Information und Kommunikation; Neue Technologien
- Gesundheit , Biowissenschaften, Nachhaltigkeit
Es gibt zwei Sitze des Ministeriums. Ein Sitz ist in Berlin mit 250 Mitarbeitern und der andere ist in Bonn mit 800 Mitarbeitern.

Das Haus in Berlin:

Der Altbau des Hauses, 1914 als Kaserne errichtet, wurde später von der Polizei genutzt. 1948 ging das Gebäude an die Deutsche Bauakademie. Die Architekten Hans Scharoun und Hans Henselmann planten hier den Wiederaufbau des östlichen Stadtviertels Berlins. 1973/74, also vor mehr 30 Jahren wurde das Gebäude zum Sitz der Ständigen Vertretung der Bundesrepublik Deutschland bei der DDR. Bis zum Fall der Mauer 1989 fanden auf dem Gelände der Ständigen Vertretung viele ausreisewillige DDR-Bürgerinnen und Bürger wochenlang Zuflucht. Dieses Gebäude ist daher von besonderem historischen Wert und Teile des Gebäudes stehen deshalb unter Denkmalschutz.